（解説）
──インターポール（国際警察）の依頼で海中に沈んだメカゴジラの残骸を捜索中だった海洋開発研究所の潜水調査船〈あかつき〉が何者かに破壊され、乗組員全員が行方不明となった。最後の通信に「恐龍」という言葉が残されていたことから、調査に乗り出した海洋生物学者の一之瀬と村越捜査官は、かつて恐龍を発見し、意のままにコントロールする研究をしていたとして学会を追放された真船博士の存在を突き止める。
その頃、母星滅亡の危機を逃れて地球に移住しようとするブラックホール第３惑星人は天城山中に秘密基地を建設。動物コントロール装置を開発した真船博士と娘・桂の復讐心を利用し、修復改造したメカゴジラ２号と桂が操る水棲恐龍チタノザウルスを使って再び攻撃を開始しようとしていた！

前年にゴジラ誕生20周年記念映画として製作された「ゴジラ対メカゴジラ」（福田純監督）に続く��メカゴジラシリーズ第２弾�＝B当時シナリオセンターの受講生だった高山由紀子（のち脚本家、映画監督）の脚本をもとに、５年ぶりに劇場映画に復帰した本多監督が改稿を重ねて映像化。人間を憎み、自分の研究を使って復讐しようとする真船博士と、その娘で侵略宇宙人によってサイボーグにされてしまった桂の悲劇を通じて『ゴジラ』以来のテーマである��科学と人間の在り方�≠�改めて問い直した力作である。
本多監督同様、久々に特撮映画を手がけた伊福部昭の音楽に加え、予算等の関係で省略されることが多かった大がかりな都市破壊描写と住民の避難シーン、ライブフィルムを交えた防衛隊の攻撃シーンも繰り広げられ、全編に本格怪獣映画の魅力が横溢。中野昭慶特技監督が前作に引き続いて腕を奮い、海に陸に変幻自在の暴れぶりをみせるチタノザウルスと移動要塞のようなメカゴジラ２号の動きを対比させ、頭部をもぎ取られてもなお攻撃を続けるメカゴジラ２号など数々の名場面を作り出した。